中科院轉型為行政法人後，國防部由上級督導機關轉變為監督機關，因應監督身分轉變，國防部參考企業通用的「平衡計分卡」營運績效評鑑方式，訂定「研究發展」「生產委製」及維持運作的「財物管理」「安全管理」「人力資源」等5面向，由國防部所屬單位針對中科院各研製修專案與營運個項進行初評評分。
為求公正客觀評鑑，國防部特邀集有關機關代表、學者專家及社會公正人士設置績效評鑑會，並依初評成績與中科院年度重要營運成果執行複評，周延且具體地評鑑武器系統研製任務遂行及經營管理之成效，自2015年至2021年評鑑成績均維持高於90分，達行政院所律定「優良」等第（成績達85分以上）。
另在審計部109年度稽核報告中，亦發現中科院轉型後至109年底，共辦理採購案10萬2,038件，決標金額合計2,788億1,429萬餘元，在廠商逾期交貨、退貨重交及減價收受等方面，占履約評比案件比率均有下降，中科院的採購透明度與效能相較過去已有大幅提升。
國防自主是總統蔡英文重要政策，為確保中科院高效能的組織運作及優質科研能力，中科院轉型行政法人迄今，配合國家政策，積極推動「國機國造」「國艦國造」及「資安產業」3大國防產業及投入先進國防武器系統研製任務。
中科院整體營運規模至去年已達945億餘元，不但創下歷史新高，也是該院空前榮耀與挑戰。中科院藉由優調組織人力、活用自有資金及建構國防供應鏈，落實國防資源釋商政策等管理作法，唯有中科院全院上下一心，完成國防部交付各項任務、透過管理效能提升與優化，並持續結合國內產、學、研的整體能量與資源，建立國防科技長期及永續的發展，才能確保國家安定與繁榮。
