吳音寧早年研究台灣農業發展，2017年獲時任農委會副主委陳吉仲推薦，接任北農總經理，但不僅當時的台北市長柯文哲與北市府不挺，以藍營為首的議會也多次輪番攻擊，例如將北市的新年休市決定導致菜價下跌歸咎於吳；因吳在議會只報告不備詢，遭議員表決趕出議場；甚至還曾抹黑她以業務推廣費送洋酒給民進黨，但案經檢方調查最終獲得不起訴處分。
吳音寧當年在爭議聲中下台，還一度被認為是助長「韓流」的推手，因為在她之前的北農總經理韓國瑜，卸任之後跑到高雄參選市長，為藍營掀起一陣轟動。
如今當年推薦她進入北農的陳吉仲，同樣因為農業政策問題，成了在野攻擊的箭靶，日前吳音寧曾在臉書發文，認為陳吉仲如果真的因此請辭，只是落入惡意攻擊者的圈套陷阱，「我想起，2018年的時候，我同樣受到鋪天蓋地的抹黑與攻擊。而當年攻擊我的那一批人，和現在攻擊陳吉仲部長的，就是同一群人。」呼籲陳吉仲：「我們不能向謊言低頭。請一起為台灣農業繼續努力。」
陳吉仲昨赴立院報告完專案進口雞蛋政策後，為造成紛擾向大眾致歉，但強調進口雞蛋的政策沒有錯，晚間更發出聲明正式宣布請辭，對於進口雞蛋過程遭到外界不實的抹黑、造謠、指控，造成社會恐慌、農業部同仁遭受不應背負的指責，他要扛起責任，平息紛擾。今上午他出席農業部「第17屆農金獎」頒獎典禮時受訪表示，相信在他卸任後攻擊會大幅減少，讓農業部可以好好做事，致詞時哽咽希望大家可以繼續支持農業部。
吳音寧今（20日）發文透露，昨晚在跑立委競選行程時，聽聞陳吉仲下台的消息，心情非常難過、不捨。雖然就個人而言，陳吉仲辭去部長，回到教授工作，生活輕鬆多了，「但是，就台灣的農業來說呢？雞蛋的問題，就解決了嗎？產銷的問題，解決了嗎？並沒有。」
今早繼續跑行程，聽到鄉親跟她說，可惜了一個好人才，讓她感嘆，真的不該再縱容同一批人，為了政治利益一而再、再而三的攻擊想要認真做事的人。她看著陳吉仲給她鼓勵的訊息，她打算邀請陳來為她站台，繼續和農民、社會大眾講述他們對台灣農業的觀點與期盼，以及希望繼續實踐的事，「我們不會放棄。大家繼續努力！」
