一名男子18日在臉書社團PO文，稱自己買了一盒台農洗選蛋，距離有效期限還有1週卻打出2顆黑綠蛋，質疑是不是有混到進口蛋，且貼文中還附上了一張同為綠色的巴西國旗和電子發票。
對此，先前高雄市衛生局也派員至台農位於鹽埕區的蛋行查察，確認蛋品標示為國產蛋，但現場已無該批效期產品。至於行政院長陳建仁則是表示這是一則假消息，請民眾一定要提高警覺，不要被欺騙。
不過，發文男子日前接受《TVBS》強調自己真的買到黑綠蛋，加上雞蛋上的紅色噴墨有些不清楚，質疑蛋被混裝，不過發文後有收到台農的人聯繫稱可以換一盒雞蛋，台農也解釋標示因為是食用級墨水容易淡掉，賣的都是國產蛋。男子也稱，自己在2個社團發文，超市社團的文章是被管理員移除，另個社團就還在。
對於種種爭議，今農業部則表示，針對媒體刊登消費者買到的雞蛋，打開後呈現黑綠色的照片，由於尚無法證實雞蛋來源，為防杜有心人士散播虛假訊息混淆視聽，打擊國產雞蛋形象，及農業部進口雞蛋充分供應國內民生消費需求的本意，今已向台北市警察局中正二分局報案，希望透過檢警調查澄清事實真相，避免造成消費大眾的恐慌。農業部也呼籲國人切勿散播不實訊息，避免觸法。
另一方面，農業部也針對國民黨總統參選人侯友宜競選團隊釋出廣告影片質疑專案進口雞蛋圖利廠商，嚴重駁斥稱，農業部沒有圖利廠商、沒有補助特定貿易商。廣告中聲稱「先洗錢再洗蛋」更是不實指控，這些指控都是政治抹黑，打擊基層人員的努力。
農業部表示，針對超思1人公司50萬資本額為什麼可以接受中央畜產會委託進口雞蛋，因年初徵詢多家貿易商進口雞蛋意願，當時因超思提出的報價合理、可以在3月底前下第一筆訂單、且已有雞蛋進口實績，因此中央畜產會委託超思公司進口雞蛋。且超思也發聲並非1人公司，有員工在國外接洽貿易事宜，資本額也不代表資金調度能力。
農業部指出，實際運作過程中，超思公司皆有先行代墊雞蛋貨款，存款證明更有5到6千萬元，另以負責人名義提供本票共計3,900多萬元，總計達近億元的財力證明，足以證明超思有清償能力。
而侯友宜廣告中稱進口雞蛋是發國難財，農業部則聲明，進口雞蛋本來就是各憑本事不是壟斷的生意，短時間各自發揮人脈和貿易能力為台灣人民進口雞蛋。至於銷毀浪費2億多，農業部駁斥，2億多是5,400萬顆到期雞蛋政府吸收差額的費用，不是銷毀費用，庫存雞蛋更是持續洽加工廠加工成液蛋、水煮蛋等等轉為庫存，但是因為國內加工量能有限，還是會出現到期雞蛋不及加工，但這屬於安全庫存的必要成本。
農業部強調，執行專案進口雞蛋搭配滾動安全庫存，是為了確保消費者糧食安全，同時不讓進口雞蛋打亂國內雞蛋供應的市場秩序，以保障蛋農生計，讓全民買得到蛋、吃的到蛋，以達到政策效益。
至於「進口標示國產蛋、混蛋吃下肚」，中央畜產會已委託業者加工轉庫存之液蛋皆在有效期限內也都在庫存未釋出，起初畜產會因法律認知落差，考量冷凍殺菌液蛋因稅則號列與殼蛋不同，認定進口殼蛋加工為冷凍殺菌液蛋為實質轉型，因此造成業者產地標示成台灣，這部分畜產會已致歉並立即通知業者標示正確，農業部也對督導不周表示歉意，全力督導畜產會輔導業者正確標示。
