不過皮膚科醫師提醒，枕頭套長時間未清洗，油脂、汗水和皮屑容易堆積，提供細菌和塵蟎孳生的環境，可能導致皮膚過敏或睡眠品質下降。建議可以依個人狀況調整清洗頻率，至少每週更換一次；夏季流汗量大、與寵物同睡或屬敏感肌膚者，更應增加清洗次數。
台灣皮膚科醫師徐常捷在節目《醫師好辣》引用研究數據指出，枕頭套若一週未洗，細菌量是馬桶蓋的1.7萬倍，等於「天天睡在馬桶蓋上」。他分享一名女大生的案例，因長期未清洗枕頭套，就診時右臉痘痘明顯比左臉嚴重，表示是「局部因素」所造成，一問之下才發現問題根源出在枕頭衛生。
專家建議，若無法天天清洗，可準備多組枕頭套輪替，或在枕頭上加鋪毛巾，每天更換，並確保洗後徹底曬乾或高溫烘乾，以避免細菌及黴菌滋生。
