衛生局人員透露，會下重手處理龍發堂，是因為防疫人員越深入，發現問題越嚴重，除了稽查人員發現龍發堂在2樓擺有上百個骨灰罈，覺得相當弔詭，懷疑病患死因不單純，且衛生局清查病患死亡人數也發現龍發堂8年來，病患死亡高達97人，而約有7成的死亡證明，疑似由龍發堂董事溫有諒醫師開立。
衛生局認為龍發堂是否有無照護管理不當，死因登載不實，有業務過失及偽造文書之嫌，衛生局隨即向高雄地檢署檢舉。
防疫處長潘炤穎更是明白的表示，龍發堂不僅環境需要徹底消毒，還須改善環境硬體並提升照顧管理能力，「這些絕非高標準，也不是醫院評鑑級的要求，而是照護機構起碼的基本條件。龍發堂都說衛生單位逼人太甚，請問他們有顧及這些堂眾的基本人權嗎？」
衛生局局長黃志中向本刊表示，會讓他們簽署同意書，是因有多位病患反應要求將其移出龍發堂，且鑑於過往龍發堂對於病患意見表達，多有監視及壓抑，才制訂同意書讓他們簽署，過程均有錄音錄影存證，並無不當之處，也無住院同意書一事，而家屬在過程中並未在場，憑什麼來指責？
黃志中進一步表示，去年7月龍發堂爆發第一例阿米巴痢疾患者時，衛生局就很重視，但初期龍發堂相當不友善，甚至拒絕衛生局人員進入，最後由龍發堂提供堂眾糞便讓衛生局檢驗，但又拖了相當長的時間。10月竟然從13例又新增為19例確診，加上11月又陸續傳出讓他相當訝異，才立即起動防疫機制。
衛生局從去年10 月起，陸續將龍發堂感確診阿米巴痢疾與肺結核患者，以及精神重症病患移出安置醫療機構，或由家屬帶回另行就醫者，迄今累計160人。
他強調，衛生局僅就衛生醫療問題處理，市府多次討論及市長多次指示，亦僅針對堂眾衛生醫療問題及龍發堂管理違法，進行瞭解與指示，未曾討論其他。而該處過去僅知為特定農牧用地，所以其合法化過程，尤其是寺廟登記為法所不允許，至於外界質疑是否有商業利益考量一事，在處理過程中均未被提及，衛生局並不知情。
誘病患簽同意書 效力有問題
律師吳漢成表示，如果這些病患為精障者，家屬有幫他向法院申請監護宣告，或是輔助宣告，那這些病患無法在法律上行使法律行為（簽名），他必須由監護人同意或監護人代簽名，在沒有得到法定代理人同意情況下的簽名，是可以爭執其在法律上的效力。
黃志中痛斥，在處理過程中，議員介入之壓力、同仁遭受堂方及其他單位的巨大壓力，甚至12月5日他帶隊去現場會勘時，突遭40公分鐵條自樓上丟下攻擊（已報警）等，以及堂方強力阻擾等作法，實在與堂方目前的說法無法契合。
