知情人士透露，目前幕僚研議的方向是，針對已判扁有罪確定的龍潭等4大弊案，由總統蔡英文根據《憲法》第40條賦予總統的職權，對陳水扁行使特赦，再根據《赦免法》第3條對受罪、刑宣告之人，給予免除其刑的執行。也就是扁一旦獲「免除其刑的執行」特赦，仍屬有罪之人，但未執行完的殘刑就不必再坐牢，若扁認為自己無罪，就要向憲法法庭聲請裁判審查，由大法官決定，或請檢察總長向最高法院提起非常上訴。
當然，蔡總統在行使特赦時，也可讓扁的罪、刑全免，不過，如此一來將形成「貪汙無罪」，恐又落入政治的口水紛爭。
幕僚單位研議認為，特赦扁最棘手的難題，在於有「海角7億」之稱的11億餘元不法所得該如何處理，目前因確定案件向法院聲請沒收約3億元已入國庫，尚在查扣中的有8億餘元（包含瑞士政府凍結的約1,000萬美元）僅屬資金凍結，若扁獲得特赦，還未聲請沒收的8億餘元恐將全數發還扁家，加上遭查扣的上億元豪宅、鑽石珠寶等也得解凍，恐坐實總統貪汙及洗錢犯罪可保有犯罪所得的批評，國人怕是難以接受。為此，幕僚單位認為，《刑法》沒收新制應可化解此一難題。
為避免衝擊過大，將針對扁家已扣案的11億餘元犯罪所得全部聲請沒收，至於二次金改等因病停審案件，被告除了阿扁外，還包括前總統府副祕書長馬永成等，依法無法特赦，將留待司法後續審理，扁妻吳淑珍因健康因素無法入獄、子陳致中等家人涉洗錢及偽證等罪，也都遭判罪確定，除陳致中入獄後已假釋，其餘陳幸妤等家人均獲緩刑結案，都不適用此次特赦。
黨政人士直言，扁獲特赦，政治面應能消除藍綠利用此一議題造成的對立狀態，可以建立和諧的政治環境，帶給國內政治穩定及讓部分人心得到安撫，且台灣社會對扁案應否特赦爭執不斷，如果遲未處理，會讓政府持續陷於兩極對立的紛擾，更會因保外就醫踩紅線一再引起爭議，希望透過一次重大（特赦）處理，免除後續綿延不絕的紛擾。
只是，特赦阿扁仍是高度的政治性議題，一旦蔡英文作出決定，勢必會讓藍綠角力再起，社會紛擾是否會因特赦暫時畫下休止符？或是激起濤天巨浪？仍有待觀察。
