針對2018平權公投，柯文哲先是說，「我投了廢票。」柯文哲接著解釋說，原因很簡單，因為「價值」與「人權」議題，不該用投票，來比大小、拚輸贏，應該有更好的方式解決衝突，而不是擴大衝突。
柯文哲說，所以早在2017年，北市民政局就對 《民法》中規定「同性別二人不能成立法律上婚姻關係」有違憲之虞，主動向大法官「提出釋憲聲請」；而大法官也清楚解釋：過去《民法》未保障同性婚姻「違憲」，要求主管機關要在2年內修改相關法律。
柯文哲表示，因此應由立法院直接修法保障同婚，底線是2019年。但當2017年大法官做出釋字748號解釋後，掌握國會多數席次的民進黨政府，並沒有進行修法的動作。
柯文哲說，2018同婚公投的根本，就是起源於執政者、立法權的不作為，才把性別少數的權利，交給主流的異性戀者決定，怎麼公平？這也讓原本應該透過公開辯論、理性討論的制度，失去其應有的價值。更荒謬的是，當社會因此出現對立後，政府最後也沒有尊重公投結果。
柯文哲指出，第二案要把「性別平等教育法」明定在國民教育各階段，內容應涵蓋情感教育、性教育、同志教育等課程，這更是需要整個教育體制深入研究的範疇，只要一個教材、一場教育現場出現偏頗、錯誤解釋，影響的結果何等劇烈？又豈是這短短52個字可以敘明？所以他投了廢票。
最後，柯文哲說，對於同志、性別議題，他承認他的知識還太少，但對於「人生而平等」的主張，他是堅定支持。願民主價值更深化台灣。無論你我，都不再因為誤解，而被貼上標籤。
