監委葉大華、蔡崇義、林郁容針對幼兒園餵藥案的處理，就新北市政府對整起事件處理過程有無疏失進行調查，調查結果認定新北市府行政調查未盡確實、醫事檢驗結果說明及就學安置處理失序，均有違失與不當，經監察院教育及文化委員會於8月15日通過糾正。另並要求教育部、衛生福利部、法務部以本案為鑑，就行政調查、司法早期介入協作機制、兒童證詞鞏固與衡平審酌等欠缺完備之處，確實檢討改進。
監委們指出新北市府的六大違失，包括「幼兒疑遭不當對待，新北市政府卻未查扣重要影像證據」，教育局稽查作為不確實，沒有保全重要證據，致本案行政調查在欠缺重要證據下作成結論，難以取信於眾；「行政調查及司法偵查證據影像檢視爭議」，教育局原本查扣監視器影像，卻以為檢警偵查「不要打草驚蛇」而未查扣，但檢方表示，檢察官對教育局無指揮權，無要求不得查扣。
第三點則是「新北市政府對醫事檢驗規劃及安置就學缺乏完整配套」。監委指出，幼生疑遭餵食不明藥物，亟需公權力介入釐清，但新北市政府第一時間卻推諉幼兒園處理。等到消息透過媒體擴散報導，引發家長與各界恐慌，教育局才於協調衛生局啟動採檢專案；教育局對幼生離園就學安置也處理不周，導致部分幼生未被妥善安置，新北市政府各項處理流程資訊紊亂及延宕，嚴重折損家長信心。
第四點「新北市政府對醫事檢驗結果及裁罰公布說明草率反致事實無法澄清」，新北市府去年6月8日召開記者會，稱「28位學童」有「8位幼兒微量檢出」已違反幼照法，並廢止A幼兒園設立許可，裁處最高罰鍰新臺幣15萬元。但當時行政調查尚未結束，記者會說明顯與實際裁罰事實不符。市府提供家長檢驗報告方式欠缺嚴謹，致家長更加恐慌、事態擴大，實有違失。
第五、第六則是「司法早期介入啟動時機與協作問題」以及「兒童證詞採信與衡平審酌問題」，市府未能發揮兒少保護醫療中心功能，未展現司法早期介入跨機關合作交流公益性，新北地檢署、教育部、法務部、衛福部也應藉此案檢討改進，並審慎研議相關機制。
對於監察院的調查報告，國民黨則聲稱，全案偵結確定不起訴，監察院卻通過糾正，反控「賴清德的國家機器全力運作」，痛批「造謠新北幼兒園餵藥案，連監察院也政治追殺！」
國民黨指控賴清德與新北市議員戴瑋姍曾就此案公然造謠，但不起訴書上已表示沒有證據顯示孩童被餵藥，砲轟民進黨利用社會不幸事件，操縱社會輿論，只為自己政治利益，撕裂全台社會的親師關係，要求賴清德餵造謠出面道歉。
