近來赴日投資成為新顯學，許多投資者開始重新審視日本市場，認為其具有巨大的潛力，但專家提醒，在赴日投資時仍需要注意潛在的風險，包括稅務、法律等方面，都應該事先掌握狀況。
安永聯合會計事務所會計師林宜賢指出，前往日本投資時，台灣廠商應該詳細了解和遵守日本的稅務法規，並考慮聘請專業的會計和稅務顧問，以確保合規並最大限度地減少稅務負擔。
他指出，稅務問題是台灣廠商需要特別關注的部分，建議業者善用台日租稅協定，可以有效降低稅務負擔，並確保投資的合規性和效益。舉例來說，根據台日租稅協定第10條，可以有效降低台灣投資者在日本獲得的股利收益所面臨的重複課稅負擔；協定第11條則規定了利息的稅務處理，允許投資者透過合理的融資安排，利用利息支出來降低日本企業的所得稅負擔；根據協定第12條，授權安排中的權利金支付也可以用來降低企業所得稅負擔。
另外，企業在日本的業務活動和運營模式也需要謹慎處理，以避免構成常設機構；透過適當的薪資結構設計和協定條款的應用，則可以確保員工在台灣和日本之間的稅務負擔合理分配，避免雙重課稅的情況；而協定第24條提供了相互協議程序（MAP）和雙邊預先訂價協議（BAPA）的機制，可幫助解決跨國企業可能面臨的重複課稅問題。
萬國法律事務所合夥律師洪邦桓則提醒：「業者應注意日本投資法律規劃，包括據點形態、公司法治、外資申請流程。以據點形態來說，應思考據點目的及功能為何？是否有繼續性營業行為？或單純進行資訊的蒐集？」選擇合適的據點形態、遵守當地公司法和勞動法，並了解外資申請流程，才能確保在日本市場的順利運營。
針對智慧財產權的規劃，專家也提醒業者要特別注意。萬國法律事務所合夥律師王孟如指出，除了基本的智慧財產權保護措施外，台灣企業還需要注意一些特殊的法律和規定，像是台灣不是《專利合作條約》（PCT）的簽署國，因此台灣企業不能直接從台灣提交PCT申請；日本商標法中沒有「聲明不專用制度」，意即企業在申請商標時，不能聲明不專用某些部分的商標；另外，日本於今年5月1日正式要求在日本發明之專利，若涉及「特定技術領域」應先於日本申請專利權後，才得向外國申請。
萬國法律事務所合夥律師陳誌泓則建議，台商應設計紛爭解決機制，相關解決途徑包括談判協商、調解、訴訟與仲裁。他表示，事前應思考日本對紛爭、衝突處理文化的低調，處理爭議時應先經過誠意協商與處理程序；調解相對彈性、迅速、隱密不公開，但須注意成立調解的效力；而訴訟雖然程序嚴謹、證據齊全，但相對耗費勞力、時間及費用。
陳誌泓表示：「日本法律文化重視細節，決定程序較久，建議業者不要隨便提起爭議處理，盡量以談判、和解等方式解決；此外，當地也不傾向以戰逼和，有爭議時傾向不要面對面處理爭議。」他提醒業者，應了解日本法律，也需要了解日本法律、日本文化，並找日語的專業人士協助，確保在面臨紛爭時能夠高效、公正地解決。
