沙門氏菌、大腸桿菌等細菌是食物中毒的常見元凶。根據「停止食物中毒」（Stop Foodborne Illness）機構執行長鲍姆（Mitzi Baum）建議，在微波食物時，務必中途攪拌一次，確保食物各部位都能均勻受熱，並達到攝氏74度的高溫，才能有效殺滅細菌。
堪薩斯州立大學食品安全教授菲布斯（Randall Phebus）提醒，使用溫度計測量食物溫度，是確保食物徹底加熱的簡單方法，不過，有5類食物不適合微波加熱，若不注意，可能導致營養流失或食物中毒。
1. 嬰兒配方奶或母乳
使用微波爐加熱嬰兒配方奶或母乳非常危險！熱量分布不均容易燙傷寶寶嬌嫩的口腔，且會破壞母乳中的珍貴營養成分。
2. 塞入餡料的禽肉
微波或烹調時，雖然食物表層溫度會迅速上升，但內部餡料往往無法達到殺菌所需的溫度，容易殘留有害細菌。即使雞肉表面熟透，內餡可能仍未完全加熱，增加食物中毒的風險。
3. 生肉或禽肉滷汁
生滷汁可能含有有害細菌，一定要煮沸再用。煮沸過的滷汁也不要反覆微波，以免細菌滋生。
4. 保存逾7天的剩菜
剩菜冷藏超過7天，容易滋生有害細菌或黴菌，即使加熱也無法完全殺死，美國農業部建議，剩菜最好在3、4天內吃完。
5. 室溫下放置逾2小時的食物
食物若在室溫下放置太久，容易滋生金黃色葡萄球菌或肉毒桿菌等有害細菌。這些細菌會產生耐熱毒素，即使加熱也無法破壞。
