《立法院組織法》是在民國81年1月16日三讀修正通過，新增第26條之2規定，首度將公費助理制度寫入該法。本刊調閱當年修法相關會議紀錄及提案內容發現，公費助理當年首度入法的修法版本，包括修法條文及修法理由，是以時任立委陳水扁等33人所擬的提案為主並微調後通過，共同提案的立委還包括彭百顯、盧修一、葉菊蘭、謝長廷等，最後三讀通過的「修法理由」，文字更與陳水扁等人的提案版本文字一模一樣。
在修法條文部分，三讀通過的版本為：「立法委員每人應置公費助理4人以上；立法院應每年編列每一立法委員一定數額之助理費及其辦公事務費預算。公費助理均採聘用制，與委員同進退。」而陳水扁等人的原始提案文字則為：「立法委員每人應置公費助理五人以上；立法院應每年編列每一立法委員一定數額之助理費及其辦公事務費預算。」
至於該條文的「修法理由」，無論是陳水扁等人的提案或最後三讀的版本文字均相同，：「立委公費助理制度之建立，能提昇立委問政能力，不容有所偏廢，故本法特參考各國立法例與成例，明定每一立委應置五位以上的公費助理，並授權本院對此編列合理的經費預算，以健全國會助理制度。」根據修法理由的文字，當初建立公費助理制度目的是「提昇」立委問政能力，與高院合議庭引用立法院函覆所指「公費助理經費是『補助』立法委員問政需要所須的財力不足」，無論在用語及解讀上均有落差。
進一步檢視提案人陳水扁當年在法案審查期間的發言更可知，當初把公費助理明訂在《立法院組織法》內，目的是要「建立公費助理制度」且「不是要圖利立委」。
根據《立法院公報第八十一卷第二期委員會紀錄》，陳水扁在民國80年12月30日的會議發言、說明提案緣由，他當時說：「這也是目前經費稽核委員會一再爭取的，不如我們給他做一明文規定，建立一個公費助理制度。」並指出：「美國國會之所以能健全，是和他們的公費助理制度及辦公事務費用的公費補助有相關的關係。」
陳水扁的發言還說：「既要馬兒跑、又要馬兒不吃草，是不可能的，要先讓馬兒吃草，再要求馬兒好，若馬兒不好，就可大罵特罵。」「我們此一構想，並不是要圖利自己，而是在設置必要的配備後才可以提高選民對立法委員的監督效率。」
