長期以來，台灣各醫院的病歷系統不同、無法互通，醫師僅能從雲端系統看到病人近6次開藥與診斷紀錄，但若病人有住院，其住院摘要，或有超音波、電腦斷層，這些東西都無法便利地存取，若病人要轉診，得在前一家醫院申請病歷資料的光碟，或者影印紙本帶去新的醫院，否則就要重新在新的醫院重新抽血、做電腦斷層。
資深衛生官員解釋指出，2023年衛福部設置電子病歷線上申辦服務時，是希望醫療院所可以上傳相關資料，但當時格式欄位檔案都沒有統一，實際操作困難，因此2024年衛福部才透過次世代電子病歷平台計畫，來統一不同醫療院所之間因資料格式不一、欄位定義不同造成的交換障礙。
衛福部函覆立委張雅琳詢問時也指出，電子病歷線上申辦服務，因為醫院端的資訊與病歷部門協作困難、各醫院系統整合往往須配合個別開發版本，不少醫院陸續自行建置線上申請系統，或把線上申請病歷的功能，整合至醫院自己開發的專屬APP，衛福部的線上申請服務開辦3年多來，完成3762件申請案，但是配合次世代電子病歷平台計畫，電子病歷申辦服務今年底將評估結束服務。
次世代病歷計畫是衛福部2024年起推動的4年期計畫，衛福部目標今年將所有醫學中心的系統完成聯通，明年再擴及至區域及地區醫院，後年擴展至衛生所、診所的病歷系統。