楊力州小時候最愛看電視上的金光布袋戲，由於知道楊力州愛看布袋戲，2006年朋友帶他去台原偶戲館，介紹他認識陳錫煌。第一次看到傳統布袋戲的楊力州發現陳錫煌的表演中，連小旦走路時肩膀都會動，讓他震撼不已，「怎麼木頭與布製作的偶裡面好像有肌肉」，因此動念想拍陳錫煌精湛的技藝。
跟隨陳錫煌拍攝布袋戲，不到1年，楊力州發現傳統文化的傳承很重要，也認識陳錫煌3個徒弟：大徒弟吳榮昌是三跪九叩拜師學藝、二徒弟黃武山是北藝大老師、三徒弟露西是法國女孩。楊力州認為技藝應有傳承，而且陳錫煌有個紅色盒子，裡面供奉戲神田都元帥，不管去哪表演都帶著，因此決定片名為《紅盒子》。「我很喜歡盒子的概念，似乎有秘密，紅色又是非常東方的色彩，紅盒子也象徵傳承。從影片的起伏故事線考量，陳師傅的紅盒子會傳給誰？很有懸念，我也很想知道，但沒多久我覺得這不是我想拍的主題。」
拍著拍著，楊力州發現陳錫煌的父子情結，包括李天祿如何壓抑這位異姓的長子（因李天祿入贅，長子陳錫煌從母姓），以及陳錫煌對父親的種種模仿。約在拍攝的第3、4年，有一天楊力州去陳錫煌家喝茶，聊到自己的畫家爸爸希望他也能當畫家，陳錫煌忽然對他說：「導演，如果有一天你發現你這輩子最大的對手是你父親，你會怎麼做？」這句話突如其來撞到楊力州，「如果我只拍技藝和紅盒子傳給誰，太淺了，因為陳師傅最在乎、最過不去的，是他與他的父親，因此我想呈現父子間的事情。」
楊力州強調，「陳錫煌有自己的名字，也有精彩的技藝，但外界卻經常以『李天祿的兒子』介紹他，終其一生他都在父親的影子底下，我們不知不覺的進入父親權勢的概念下，這也是我後來的反省與思考。」決定以父子關係為影片主軸後，《紅盒子》紀錄片又拍了4年，因私下師傅雖會和楊力州聊父親的事情，但打開攝影機就不說，楊力州也不強迫，就慢慢拍。
可是為了等陳錫煌談父親，又「僵持」許久，最後楊力州決定請主要受訪者一一到攝影棚，先放之前訪問片段，再請他們談想法，更希望這種方式可以讓陳錫煌開口。楊力州坦承，當時已沒招了，於是對陳錫煌說，「你有什麼話想和爸爸說，就說吧」。陳錫煌先誇父親是很好的人、大家都很喜歡，接著沉默大約30秒，忽然說，「我不知要對爸爸說什麼」。楊力州當場覺得，這種無話可說的答案，才是滿滿的答案。「因為他的父親已轉換另一個形式，田都元帥就是他哲學上的父親，我已經得到答案。」
楊力州說，那天在錄影棚拍完就開始剪片，「但這部片超厭世，不再像過往的作品總是告訴人們人生有希望。」看到傳統布袋戲的式微、藝師的凋零，楊力州也在《紅盒子》裡保留許多精彩細膩的布袋戲演出，但影片開場序言卻是《封神演義》李哪吒「割肉還母、剔骨還父」，楊力州感慨地表示，「我可以理解，兒子終其一生仰望父親、想成為他、超越他、甚至打敗他，這是每個兒子必須通過的過程。」
