警方在鞋印採集失敗後，指紋成為關鍵，當時刑事警察局也前來支援，並在車上採集到多枚指紋，經比對其他老師的指紋後，也都一一排除，最後僅剩在面紙盒採到的2至3枚指紋，以及在左後車窗上的掌紋沒有比對出來。
由於這些指紋和掌紋比較小，似乎不是大人的，當時警方認為應該是吳曉蕙曾載過的學生或其他小朋友所留下，因為政府沒有建立未成年人的指紋檔案，所以無從比對起，只能存檔。但誰也沒有想到，這些指紋及掌紋竟成為日後破案的關鍵。
謝松善說，當時在遺體及覆蓋大體的被單上，曾發現毛髮，因當時警方還沒有DNA比對技術，加上採到的毛髮條件不好，最後也沒有比對出任何結果。
此外，法醫在吳曉蕙的下體也採集到一些分泌物，經鑑識分析，發現不是男性精液，而是唾液。謝松善表示，如果要強姦，為何留下的不是精液而是唾液？讓很多辦案人員想不通，這個謎團直到後來破案才解開。
謝松善告訴本刊，2002年父親節前夕，他正在開車，突然從收音機聽到新聞快報，說吳曉蕙命案偵破了，他嚇了一跳，想說這個案子躺了8年，到底是怎麼破案的？仔細一聽是刑事局偵破，於是打電話到刑事局詢問。
原來當年在車上面紙盒採到的小指紋、車窗採到的小掌紋，就是凶手留下的，沒人想到這起震驚社會的大案，竟然是小孩子所犯下。
