據《聯合新聞網》報導，坊間傳出政府有意將現行30%的保健食品關稅降至20%，以換取美方對台整體稅率優惠，亦可能鬆綁美牛內臟、美豬進口規定，或放寬豬牛產地標示。儘管這些議題牽涉全民食安，食藥署並未正面說明是否為談判項目，引起輿論關注。
針對關稅變動對國內保健品與藥品產業的衝擊，台灣製藥工業同業公會常務理事謝賢仁表示，若關稅下調，恐影響本土廠商競爭力，許多業者早已赴日本設廠或委託當地生產因應。但他也指出，美國保健食品成分濃度偏高，是否能符合台灣規範輸台，仍待觀察。
學名藥協會的殷為瑩則坦言，20%關稅出乎意料，國內藥品外銷美國的部分恐受波及，並呼籲政府落實立院通過的「韌性特別預算」，強化國內藥品供應鏈在地化與穩定性。
面對外界質疑是否以食安換稅率，食藥署重申，其責任為把關食品與藥品安全，而貿易關稅並非該署職責範圍，相關政策將由行政院統籌對外說明。
