「一個是現代劇，一個是時代劇。起初不知道會用哪個版本，所以前半年都是兩劇本同時作業。」他倆2018年夏天開始規劃劇情大綱，確定使用時代劇版本的《間諜之妻》後，在2019年初完成劇本，黑澤同年春天接手，從編導立場進行修正調整，10月正式開鏡。
黑澤對劇本十分滿意，「這是我絕對想不到的故事，比方說女主角因為嫉妒而開始有了動作，我從來沒有想過要把嫉妒這樣的感情當作戲劇的引線。另外，雖然是以較沉重的戰爭題材為故事中心，但融入愛情、懸疑等元素，這在日本影史也很少見。」
黑澤2012年原本要拍中日合資、梁朝偉主演的電影《一九〇五》，計畫在日、台兩地取景，雖最終破局，該片卻成濱口和野原創作《間諜之妻》的重要靈感來源。
「《一九〇五》是講述戰前的故事，我們認為黑澤導演應對此時期感興趣，也希望看到他拍不同時代背景的作品，所以開始寫《間諜之妻》。」
他們參考法國名導演侯麥（Eric Rohmer）電影《三重間諜》，但捨去片中妻子總是獨守空閨且無法掌握老公行蹤的被動設定。濱口說：「《間諜之妻》的聰子不是在家痴痴等待老公，而是靠自我意識行動，凸顯她個性中的現代性。」
以女性為主角，也有預算考量。野原說明：「以戰爭期間為背景，若又是男性當主角，多會安排打仗場景，但受限於預算，較難呈現。」
