1998年，《思想》第一期出刊，輯名為「思想的索求」。他說：「那時台灣很熱鬧，各種西方的學術開始進入台灣，大家對知識的渴求非常熱烈，引入各種翻譯，但很多都是盜版書。那個聯經出版公司的林載覺就說：『我們來辦一個刊物，就叫思想。』我想，台灣那時非常急於引進西方學術（文章），可是課堂裡沒有好教材，我們就想自己來做。」
結果只出版了一期，就因新的版權法開始實行，翻譯文章出版的過程變得複雜，暫停作業，一停就是18年，直到2006年才復刊，出了第二期「歷史與現實」，「裡面的文章不（使）用翻譯（的作品了），全部都自己（邀人）寫。」
至今35年過去，《思想》仍在，已出版47期。刊物主題切合時代，且敢於站在主流思潮的對立面。我們隨他到聯經書房拍照，架上一整列的《思想》雜誌，某程度上也像他的生命史，「轉型正義與記憶政治」、「社會主義的想像」、「一九四九：交替與再生」、「台灣史：焦慮與自信」…。個人關注的大時代風景，往往也反映對自身的思考。
2014年底，《思想》來到了「太陽花之後」，「我們談論這個運動的時候，發現幾乎所有的文章都在讚許太陽花（學運），也很自然，台灣主流的聲音就很集中，為台灣其實看問題的角度越來越單一化。可是我們就想，有沒有不同態度的文章？」那是在台灣主流思潮並不喜聞樂見的討論，中國又無法發表，兩面不討喜，但錢永祥仍貫徹自己的學生時代編刊物的精神，一條路走到底，不為反對而反對，單純就事論事，「我們做過四期香港，2014年雨傘運動我們就開始做了。新冠肺炎的全球化影響，也做過兩期。」
而自2015年起，「動物」議題也不時出現在《思想》上，隱隱揭示他生命重心的轉移。原住民狩獵倫理的省思，甚至早在2017年就有專刊討論。
今年3月，四學者（傅大為、郭力昕、馮建三、盧倩儀）發表反戰聲明，錢永祥也參與連署，甚至被挖出則引用英國哲學家羅素（Bertrand Russell）發表「寧赤勿死」言論，招致不少非議，他說：「那是1950年代，英國發起非核運動，有人稱，你解除核子武裝，蘇聯就會來打你，羅素就說：我寧可被紅色（共產）統治」我也不要被死掉，所以寧赤勿死。我就套那個話說，我寧可接受中共統治，我也不要戰死。我不覺得人需要，我真的不覺得任何一個制度，需要你去，拋頭顱撒熱血…」
相關的討論在採訪出現時，我們或許也是效法他的「反對精神」，不時挑戰他的想法，而他顯然並不是沒有想過這些可能性，最後跟我們說：「蔡（英文）總統不是說，沒有人要為了他的認同而道歉嗎？這個話講得很好啊。一個人慢慢形成某一種身份認同，那個過程，（有時）他自己都不見得完全清楚，有自然的（因素），有環境的（因素），也有他自己的選擇的，很複雜。」
